冬季是一年中苗圃管理的关键季节，及时做好冬季苗圃管理工作不仅为来年苗木生长打好基础，而且能提高苗木产量和质量。苗圃冬季管理重点主要是防冻害、病虫害及防除杂草。
一、防冻害：冬季，幼嫩的苗木组织极易发生冻害，轻者苗梢干枯，重者导致苗木死亡。苗木防冻害的技术要点包括：
1.提高苗木自身抗寒能力（如秋季打梢，使苗木停止生长，促进组织生长充实；在生长季后期多施磷、钾肥，少施氮肥，使枝条充分木质化等）；在秋末冬初上冻前喷施、灌根植物防冻剂，增强植物抗冻能力，效果不错。
2.搭暖棚
3.包裹树干：包裹树干多在入冬前进行，将苗木的主干用草绳或麻袋片等缠绕或包裹来，高度在1.5米-2米。
4.覆盖：在冬季用干稻草覆盖幼苗可大大提高地温，降低冻害程度。
5.熏烟
6.松土培土
二、防病虫害：冬季，大部分苗木病虫以各种方式进入越冬或休眠状态，基本上不活动或移动性很小，此时正是防治的好季节。生产实践证明，冬季病虫防治的成效直接关系到翌年病虫的发生状况，如果措施得力，可大大降低来年病虫的发生和危害程度。苗木防病虫害的主要技术要点有：
1.剪除病虫枝
冬季修剪是苗木管理的一项常规性措施，除了剪除枯枝、密枝、下垂枝、断裂枝外，更重要的是剪除病虫害虫枝。剪下的病虫枝要及时运出苗圃集中销毁。剪时要注意剪口平整，以防病虫感染。对大的剪锯口要用邦尼封愈合剂涂抹保护伤口。
2.清洁圃地
冬季，大多数病虫和病菌在圃地的枯枝落叶或杂草中越冬。将这些枯枝落叶和杂草清楚销毁，改善圃地卫生条件，可大大减少各种病原物，对防治病虫害有重要作用。
三、苗圃除草
在冬季，对于两年生杂草，如野燕麦、看麦娘、猪殃殃、播娘蒿等，这些杂草常常冬季出苗，笠年春季或夏初开花结实。可根据苗木种类，选择精稳杀得、林用惠尔、高效盖草能等防除。